Bảo Nguyễn sinh tại trại tị nạn tại Thái Lan, khi cha mẹ ông vượt biển tới Thái Lan sau sự kiện 30 tháng 4 năm 1975.[5] Anh cùng gia đình đến Hoa Kỳ khi chỉ mới ba tháng tuổi[1].

Anh tốt nghiệp Đại học California ở thành phố Irvine và làm giáo viên, sau đó anh là nhà tổ chức của một hội bảo vệ người lao động.[6]

Bảo Nguyễn có bằng cử nhân khoa học chính trị ở Đại học California tại Irvine (UC Irvine). Anh cũng đã tốt nghiệp thạc sĩ chuyên ngành nghiên cứu về Phật giáo Indo – Tây Tạng của trường Đại học Naropa (trường Đại học tư của Phật giáo Tây Tạng tại Boulder, Colorado).[1]

Năm 2000, khi thượng nghị sĩ John McCain đang thực hiện chiến dịch tranh cử tổng thống tại Little Saigon, sinh viên trẻ Bảo Nguyễn để lại dấu ấn khi anh đã phản đối việc ông John McCain sử dụng từ "gooks" để nhắc tới người đã bắt ông McCain trong cuộc chiến tranh ở Việt Nam.[7][8]

Bảo Nguyễn có thể nói thạo cả ba ngôn ngữ tiếng Việt, tiếng Anh và tiếng Tây Ban Nha. Anh cho biết sẽ tận dụng ưu thế này để hàn gắn những chia rẽ trong thành phố đa sắc tộc của mình trong thời gian làm thị trưởng.[6]

Gia đình Bảo không có ai theo nghiệp chính trị và theo anh, mọi người trong gia đình đều tự hào về thành quả bước đầu của anh. Vị thị trưởng nói, "Tôi luôn ghi nhớ những hy sinh của cha mẹ tôi để tôi có được ngày hôm nay".[9]